พระประโทณเจดีย์ ตั้งอยู่ภายในบริเวณวัดพระประโทณเจดีย์ อยู่ห่างจากตัวเมืองนครปฐมไปทางทิศตะวันออกประมาณ ๔ กิโลเมตร ลักษณะศิลปะกรรม เป็นโบราณสถานขนาดใหญ่ ยังปรากฏซากเนินขนาดใหญ่ เป็นรูปสี่เหลี่ยมอยู่กลางวัด แต่เดิมสถูปพระประโทณ เป็นรูปทรงโอ่งคว่ำ พระประโทณเจดีย์ เป็นโบราณสถานที่เก่าแก่สำคัญแห่งหนึ่งในจังหวัดนครปฐม เป็นที่สองรองจากพระปฐมเจดีย์ ยังปรากฏซากเนินใหญ่อยู่กลางวัดเป็นสำคัญ พระประโทณเจดีย์ ตั้งอยู่กลางวัดเป็นเนินใหญ่ อยู่บนพื้นฐานสี่เหลี่ยมก่อด้วยอิฐ อิฐที่ก่อเป็นฐานรอบเนินนี้ เป็นของก่อขึ้นใหม่ในสมัยรัชกาลที่ ๔ เพื่อกันดินพัง ไม่ใช่ของที่สร้างไว้เดิม บนยอดเนินมีปรางค์อยู่องค์หนึ่ง ทรวดทรงเตี้ยกว่าองค์ที่สร้างบนยอดเนินพระปฐมเจดีย์ บนพื้นฐานเป็นลานกว้างมีต้นไม้ขึ้นร่มรื่นและเดินไปได้โดยรอบ ที่เนินปรางมีบันไดสูงขึ้นไปยังองค์ปรางค์ซึ่งอยู่บนยอดเนิน สูงจากพื้นดินประมาณ ๒๐ เมตร เมื่อขึ้นบรรไดไปข้างบนสามารถมองเห็นทิวทัศน์ของจังหวัดนครปฐมได้โดยรอบ
พระประโทณเจดีย์ เดิมทีเดียวเป็นวัดที่มีต้นไม้ขึ้นรกมาก เต็มไปด้วยป่าไผ่ มีไก่ป่าชุกชุม ดังเห็นได้ตามคำพรรณนาของนายมี ในนิราศพระแท่นดงรัง ว่า
ถึงประโทณารามพราหมณ์เขาสร้าง
เป็นพระปรางค์แต่บุราณนานนักหนา
แต่ครั้งตวงพระธาตุพระศาสดา
พราหมณ์ศรัทธาสร้างสรรไว้มั่นคง
บรรจุพระทะนานทองของวิเศษ
ที่น้อมเกศอนุโมทนาอานิสงส์
จุดธูปเทียนอภิวันท์ด้วยบรรจง
ถวายธงแพรผ้าแล้วลาจร
ดูสองข้างมรรคาล้วนป่าไผ่
คนตัดใช้ทุกกอตอสลอน
หนามแขนงแกว่งห้อยรอยเขารอน
บ้างเป็นท่อนแห้งหักทะลักทะลุย
ที่โคนไผ่ไก่ป่ามาซุ่มซุก
บ้างกกกุกเขี่ยดินกินลูกขุย
พอเห็นคนวนบินดินกระจุย
เป็นรอยคุ้ยรอบข้างหนทางจร
ได้ยินคนเก่าๆ เล่าว่าแต่ก่อนนั้น บริเวณวัดพระประโทณ รกมากเต็มไปด้วยต้นไม้และป่าไผ่ เคยมีเสือเข้าไปคลอดลูกในวิหารหลวงพ่อโต พอตกตอนเย็นพระไปปิดประตูวิหารใส่กุญแจ โดยไม่ทันได้พิจารณา ได้ขังแม่เสือไว้ในนั้น แม่เสือได้ตะกุยบานประตูวิหารเพื่อหาทางออก จนเป็นรอยเล็บเสือติดอยู่ที่ประตูเป็นพยาน แต่เดี๋ยวนี้ได้ทำการซ่อมวิหารเสียใหม่ ได้ลบร่องรอยอันนั้นแล้ว แต่ยังเหลือเป็นบางส่วน ที่พระประโทณเจดีย์นี้เดิมมีพระจำพรรษามานานแล้ว เพราะปรากฏว่าเคยมีพระเถระก่อนที่จะไปรุกขมูลที่พระแท่นศิลาอาสน์ ต้องมาอยู่ปริวาสกรรมที่วัดพระประโทณเจดีย์นี้ก่อน แล้วจึงค่อยไปนมัสการพระแท่นศิลาอาสน์เมืองอุตรดิตถ์ ดังปรากฏตามคำบอกเล่า ในหนังสือปกิณณกฉันท์ ซึ่งพิมพ์แจกในงานทำบุญฉลองอายุครบ ๗๐ ปี ในพ.ศ. ๒๔๗๔ ของพระครูปัจฉิมทิศบริหาร เจ้าคณะหมวดวัดงิ้วลาย ในหนังสือได้เล่าประวัติย่อของท่านว่า ท่านได้อุปสมบทกับน้องชายที่วัดแค ท่านพระครูปุริมานุรักษ์ (คด) วัดสุปดิษฐาราม เป็นพระอุปัชฌาย์ หลวงปู่ทรัพย์ วัดงิ้วลาย เป็นพระกรรมวาจา หลวงพ่อยิ้ว วัดแค เป็นพระอนุสาวนาจารย์ เมื่อได้อุปสมบทแล้วพรรษาต้น ท่องสวดมนต์จบ สมัยท่องพระปาฏิโมกข์ถึงอนิยต ครั้งถึงอนุโมทนากฐินแล้วปรารภจะไปรุกขมูล ไปกับอาจารย์ทาไปพักอยู่วัดครุฑ ในคลองมอญ ได้ทราบข่าว สมเด็จพระพุทธปาทปิลันธน์ วัดระฆังโฆสิตาราม จะเสด็งรุกขมูลทางพระแท่นศิลาอาสน์ ก็พร้อมกันมาพักอยู่ที่วัดพระประโทณเจดีย์ เมื่อท่านเสด็จมาอยู่ปริวาสกรรมที่วัดพระประโทณเจดีย์ เสร็จแล้วออกเดินทางไปจนถึงพระแท่นศิลาอาสน์เมืองอุตรดิตถ์
พระประโทนเจดีย์ เป็นเจดีย์ที่มีความสำคัญและมีชื่อเสียงเลื่องลือ เป็นที่ปรากฏตั้งแต่สมัยโบราณ จากอมตะวรรณกรรมของสุนทรภู่ ได้บรรยายตำนานเกี่ยวกับพระประโทนเจดีย์ ไว้ในนิราศ พระประธม-พระประโทน ตอนหนึ่งว่า
เอาพานทองรองประสูติพระบุตรา
กระทบหน้าแต่น้อยน้อยเป็นรอยพาน
พอโหรทายร้ายกาจไม่พลาดเพลี่ยง
ผู้ใดเลี้ยงลูกน้องจะพลอยผลาญ
พญากงส่งไปให้นายพราน
ทิ้งที่ธารน้ำใหญ่ยังไม่ตาย
ยายหอมรู้จู่ไปเอาไปเลี้ยง
แกรักเพียงลูกรักไม่หักหาย
ใครถามไถ่ไม่แจ้งให้แพร่งพราย
ลูกผู้ชายชื่นชิดสู้ปิดบัง
ครั้นเติบใหญ่ได้วิชาตะปะขาว
แกเป็นชาวเชิงพนมอาคมขลัง
รู้ผูกหญ้าพยนต์มนต์จังงัง
มีกำลังลือฤทธิ์พิสดาร
พญากงลงมาจับก็รับรบ
ติดกระทบทัพย่นถึงชนสาร
ฝ่ายท้าวพ่อมรณาพญาพาน
จึงได้ผ่านพบผดุงกรุงสุพรรณ
เข้าหาพระมเหสีเห็นมีแผล
จึงเล่าแต่ความจริงทุกสิ่งสรรพ์
เธอรู้ความถามไถ่ได้สำคัญ
ด้วยคราวนั้นคนเขารู้ทุกผู้คน
ครั้นถามไถ่ยายหอมก็ยอมผิด
ด้วยปกปิดปฏิเสธด้วยเหตุผล
เธอโกรธฆ่ายายนั้นวายชนม์
จึงให้คนก่อสร้างพระปรางค์ประโทน
ตามนิยายปรัมปรากล่าวถึงมูลเหตุการสร้างพระประโทนเจดีย์นี้ว่า พญาพาน ได้สร้างขึ้นโดยมีเรื่องว่า เมื่อพญากงได้ครองเมืองศรีวิชัย คือ เมืองนครปฐมในปัจจุบันนี้ สืบต่อจากพระเจ้าสิการาชผู้เป็นพระราชบิดาแล้ว ต่อมาได้พระราชบุตรประสูตแต่พระมเหสีองค์หนึ่ง โหรได้ถวายคำพยากรณ์ พระราชกุมาร ว่าจะเป็นผู้มีบุญญาธิการมาก จะได้ครองราชสมบัติ เป็นกษัตริย์ต่อไปในภายหน้า แต่ว่าพระราชกุมารนี้จะกระทำปิตุฆาต คือ ฆ่าพ่อ เมื่อพญากงได้ทราบดังนั้น จึงรับสั่งให้ราชบุรุษ พา พระราชกุมารไปฆ่าทิ้งเสียในป่า ราชบุรุษจึงนำไปทิ้งไว้ที่ป่าไผ่ ที่ไร่ของยายหอม ยายพรมไปพบพระราชกุมาร จึงเก็บมาเลี้ยงไว้ แต่ยายพรมมีลูกหลานมาก จึงยกพระราชกุมารให้ยายหอมไปเลี้ยงไว้ ยายหอมได้เลี้ยงพระราชกุมาร แล้วนำไปให้เจ้าเมืองราชบุรีเลี้ยงเป็นบุตรบุญธรรม แต่เมืองราชบุรีเป็นเมืองขึ้นของเมืองศรีวิชัย อยู่ภายหลังพระราชกุมารเติบโตขึ้น ได้แข็งเมืองไม่ยอมส่งบรรณาการ และได้ท้ารบกับพระยากง จนได้ชนช้างกัน เมื่อฆ่าพญากงสำเร็จแล้วได้เข้าเมืองศรีวิชัย เวลานั้นพระมเหสีของพญากงซึ่งเป็นพระชนนีของพญาพาน ยังมีพระชนม์อยู่ กล่าวกันว่ารูปโฉมสวยงาม พญาพานคิดอยากได้เป็นมเหสี ได้เสด็จเข้าไปที่ตำหนัก เทพยดาได้แปลงเป็นแพะบ้าง บ้างก็แปลงเป็นแมวแม่ลูกอ่อน นอนขวางบันไดปราสาทอยู่ เมื่อพญาพานข้ามสัตว์ทั้งสองนั้นไป สัตว์จึงพูดกับแม่ว่าท่านเห็นเป็นเดรัจฉานจึงข้ามไป แม่ตอบลูกว่า นับประสาอะไรกับเราเป็นสัตว์เดรัจฉาน แต่มารดาของท่าน ท่านยังจะเอาเป็นเมีย พญาพานได้ฟังดังนั้นก็ประหลาดพระทัยนัก จึงทรงตั้งอธิษฐานว่า ถ้าพระมเหสีของพระยากงเป็นพระมารดาของเราจริงแล้ว ขอให้น้ำนมหลั่งออกจากถันทั้งสองข้างให้ปรากฏ ถ้าไม่ใช่พระมารดาของเราก็ขออย่าให้น้ำนมไหลออกมาเลย พญาพานตั้งอธิษฐานแล้ว น้ำนมได้หลั่งออกมาจากถันเป็นที่ประจักษ์แก่สายตา พญาพานจึงได้ไต่ถาม ได้ความว่าเป็นพระมารดาจริงแล้ว ก็ทรงดื่มกินน้ำนม และทรงทราบว่าพญากงเป็นพระราชบิดา จึงโกรธยายหอมว่า มิได้บอกให้ตนทราบว่าเป็นบุตรใคร จนได้ทำบาปถึงฆ่าพ่อ แล้วได้ไปเรียกยายหอมมา แล้วจับยายหอมฆ่าเสีย คนทั้งปวงจึงเรียกพระราชกุมารว่า พญาพาน เพราะไม่รู้จักคุณคนก็มี เรียกพญาพานเพราะเมื่อเวลาเกิดนั้น พระพักตร์กระทบพานทองเป็นแผลก็มี เมื่อพญาพานฆ่ายายหอมแล้ว รู้สึกเสียพระทัย ว่าฆ่าผู้มีพระคุณเสียแล้วอีกคนหนึ่ง จึงได้ถามสมณพราหมณาจารย์ว่าจะทำอย่างไร จึงจะล้างบาปในการฆ่าพระราชบิดาและฆ่ายายหอม ผู้ที่ได้เลี้ยงตนมาแต่เยาว์วัย พระสงฆ์ก็ได้ถวายพระพรว่า ให้สร้างเจดีย์สูงแค่นกเขาเหิน จึงได้สร้างพระปฐมเจดีย์ขึ้นเพื่อล้างบาปที่ฆ่าพ่อ และสร้างพระประโทณเจดีย์ขึ้นเพื่อล้างบาปที่ฆ่ายายหอม ตั้งแต่นั้นมา
ตามตำนานที่กล่าวมารู้สึกเป็นนิยายพื้นเมืองที่ได้เล่าลือกันมาเพื่อเป็นเครื่องเชื่อมโยงเรื่องราวให้ปะติดปะต่อกัน นับว่าเป็นประโยชน์ดีอยู่ ในตำนานพระอารามหลวง ยังได้เขียนบอกชื่อผู้ที่สร้างวัดประโทณเจดีย์ และวัดพระปฐมเจดีย์ว่า พญาพานเป็นผู้สร้าง แต่จะเป็นผู้ใดสร้างนั้น เมื่อไม่ปรากฏหลักฐานทางจดหมายเหตุ นักโบราณคดีจึงสันนิษฐานว่าผู้สร้างต้องเป็นกษัตริย์ ที่ทรงศักดานุภาพ และมีศรัทธาแก่กล้าในพระพุทธศาสนาเป็นอย่างมาก จึงได้สามารถสละทรัพย์มหาศาลถึงเพียงนี้ได้
